Os alunos com necessidades educacionais especiais são atendidos na Sala de Atendimento Educacional Especializado (AEE). As mesas são adaptadas e cada criança recebe orientação individualizada de uma Acompanhante Pedagógica (AP), geralmente estudantes do curso de Pedagogia, que também apoiam o aluno em sala de aula, estimulação e potencializando suas habilidades. O trabalho de adaptação de currículo e tarefas é realizado também pelas APs, com orientação da área da psicologia e da coordenação pedagógica da Escola.
A Escola Padre Arrupe também faz o trabalho de inclusão, atendendo alunos com Transtorno do Espectro Autismo, Síndrome de Down, Paralisia Cerebral, Deficiência Física, Transtorno do Déficit de Atenção com Hiperatividade (TDAH), entre outras deficiências.
